No âmbito das suas atribuições, a Comissão Nacional do Território (CNT) pode deliberar a constituição de grupos de trabalho (GT), para analisar assuntos específicos e apresentar propostas que possam fundamentar a discussão e tomada de decisão pelos membros da CNT.

Os grupos de trabalho podem integrar pessoas e entidades externas ao órgão que estejam especialmente habilitadas nas matérias em causa, designadamente técnicos que desempenhem funções nos serviços que integram o grupo de trabalho. 

Encontram-se em funções os seguintes grupos de trabalho:

• Grupo de Trabalho da Reserva Ecológica Nacional (GT REN)
• Grupo de Trabalho dos Instrumentos de Gestão Territorial (GT IGT)
• Grupo de Trabalho do Relatório do Estado do Ordenamento do Território (GT REOT)