No âmbito das suas atribuições, a Comissão Nacional do Território (CNT) pode deliberar a constituição de grupos de trabalho. A estes grupos de trabalho compete analisar assuntos específicos e apresentar propostas que possam fundamentar a discussão e tomada de decisão pelos membros da CNT.

Os grupos de trabalho podem integrar pessoas e entidades externas ao órgão que estejam especialmente habilitadas nas matérias em causa, designadamente técnicos que desempenhem funções nos serviços que integram o grupo de trabalho. 

Encontram-se formalmente constituídos dois grupos de trabalho: o Grupo de Trabalho da  Plataforma Colaborativa de Gestão Territorial (GT-PCGT) e o Grupo de Trabalho da Reserva Ecológica Nacional (GT-REN).